Áreas representativas de ecossistemas brasileiros, a Estação Ecológica tem como objetivo a preservação da natureza e a realização de pesquisas científicas. Apresentam no mínimo 90% da área destinada à preservação integral da biota. É de posse e domínio públicos, sendo que as áreas particulares incluídas em seus limites serão desapropriadas, de acordo com o que dispõe a lei.

Somente é permitida a visitação pública quando com objetivo educacional.
De acordo com o SNUC, na Estação Ecológica só podem ser permitidas alterações dos ecossistemas no caso de:

I - medidas que visem a restauração de ecossistemas modificados;
II - manejo de espécies com o fim de preservar a diversidade biológica;
III - coleta de componentes dos ecossistemas com finalidades científicas;
IV - pesquisas científicas cujo impacto sobre o ambiente seja maior do que aquele causado pela simples observação ou pela coleta controlada de componentes dos ecossistemas, em uma área correspondente a no máximo três por cento da extensão total da unidade e até o limite de um mil e quinhentos hectares.

Fontes:

Sistema Nacional de Unidades de Conservação - Lei 9.985 de 18 de julho de 2000

Silva, Wanderlei Sérgio da; Fornassi Filho, Nilton. "Unidades de Conservação Ambiental e Áreas Correlatas no Estado de São Paulo" - Instituto de Pesquisas Tecnológicas (IPT), 1992, 2ª edição. São Paulo.

Pré Projeto de Pesquisa (Processo FAPESP nº 98/13969-8) "Áreas Especialmente Protegidas no Estado de São Paulo: Levantamento e Definição de Parâmetros para Administração e Manejo", Fundação Florestal,1998. São Paulo.

Silva, Carlos Eduardo Ferreira da. "Desenvolvimento de Metodologia para Análise da Adequação e Enquadramento de Categorias de Manejo de Unidades de Conservação",1999. Rio Claro, SP. (Tese de Mestrado).